. Kuni 1939. a. (siis alandati veetaset) moodustasid järved ühe suure veekogu.
Erakordselt liigendatud kaldajoonega on Kise- ja Pahijärv. Teaduslikult on huvitav Pahijärv. See on vananenud vähetoiteline järv, mis vaatamata soostumisele, tugevale mudastumisele (sügavus ainult 2 m, põhjas väävelvesinik) ning läbisoojenemisele on säilitanud üle 15 liigi haruldasi vetikaid, mis tavaliselt elavad vaid puhastes külmaveelistes järvedes. Kisejärve kaitseala on ka käpaliste kasvukohaks. Kisejärvest on saadud väärtuslikke arheoloogilisi leide: kuni tuhande aasta vanuseid paate ja kalapüüniseid.
Alates 2005-ndast aastast eristatakse Pahijärve asemel kahte eraldi järve: Lõuna-Pahijärv ja Põha-Pahijärv.
Loodud on Kisejärve maastikukaitseala vähe- ja huumustoiteliste looduskaunite järvede kaitseks.