Alamvesikond paikneb 4 maakonnas: Viljandi, Valga, Tartu ja Võru. Selle territooriumil on 29 kohalikku omavalitsust. Neist 5 on alamvesikonnas kogu oma territooriumiga ning osalise territooriumiga 24 omavalitsust. Viimastest omakorda on 13 omavalitsust, mille territooriumist üle 50% jääb Võrtsjärve alamvesikonda (seitsmel 90%).
Võrtsjärve valgla on Eesti keskmisest hõredama asustusega piirkond, kuigi kohati on tegemist küllalt tiheda ja vana maa-asustusega. Kokku elab käsitletaval alal 2000. a rahvaloenduse andmeil 70 tuhat inimest.
Võrtsjärve alamvesikonda jääb Sakala kõrgustiku idapoolmik, Otepää künkliku kuhjekõrgustiku kõrgem läänetiib ja Karula kõrgustiku põhjaserv. Võrtsjärve ümbritseb Võrtsjärve madalik, mille pindala on 1747 km2. Võrtsjärve lähiümbrus on regulaarselt üleujutatud. Kõrgeima veeseisu korral (35,28 m ü.m.p) on üleujutatud ala hinnanguline suurus 57 km2.
1. jõed – 14;
2. ojad – 84;
3. peakraavid – 61;
4. kraavid – 125.
Vooluveestiku kogupikkus on 1669 km, millest jõgede arvele langeb 498 km, ojadele 597 km, peakraavidele 344 km ja kraavidele 230 km. Neile lisandub suurel arvul metsakuivendus-, vähesel hulgal ka põllumajandusmaa kuivenduskraave, milliseid omaette ei käsitleta.
Eesti riiklikus vooluveekogude nimestikus on Võrtsjärve vesikonnast 156 veekogu kogupikkusega 1431 km.
Eesti vooluveekogude ametliku nimestiku andmeil suubub Võrtsjärve 23 jõge, oja või kraavi. Neist pikim on Veisjärvest algav Õhne jõgi (94 km), lühim järve lõunaotsa suubuv Andresjärve kraav (1,8 km).
Eesti jõed on tüüpideks jagatud suuruse ja humiinaine sisalduse alusel. Võrtsjärve alamvesikonnas esinevad järgmised looduslikud vooluveekogu tüübid:
· IIB – Heledaveelised keskmised jõed (valgla 100-1000 km2) – 11 vooluveekogumit.
Võrtsjärve alamvesikonnas on 20 tugevalt muudetud vooluveekogu ja 18 tehislikku vooluveekogu. Tugevasti muudetud vooluveekogud on näiteks Sangla peakraav, Ojalepa oja, Väluste oja ja Valguta oja. Tehislike vooluveekogude hulka on loetud Jaoma peakraav, Konguta peakraav ja Rannu peakraav.
Võrtsjärve alamvesikonnas on järvekogumite andmebaasi alusel (2005. aasta seisuga) 338 seisuveekogu. Neist nimega järvi on 141 kogupindalaga 285 km2. Selle näitaja järgi on alamvesikonna keskmine järvesus ca 8% (v.a Võrtsjärv).
Üle 10 ha suurusi järvi on Võrtsjärve alamvesikonnas 33, millest enamik paikneb vesikonna idapoolmikul, peamiselt Otepää kõrgustikul, vähem Karula kõrgustikul.
Võrtsjärve alamvesikonnas on 2005. aasta seisuga järve tüüp määratud 58 järvele (57 on looduslikule ja 1 tehisjärvele – Visula Paisjärv). Võrtsjärve alamvesikonnas on esindatud kõik Eesti järvede tüübid peale Peipsi järve (tüüp 7) ja rannikujärvede (tüüp 8).
Lisaks looduslikele järvedele on Võrtsjärve alamvesikonnas arvele võetud 42 paisjärve. Nimekirja on võetud need veekogud, mis on paisutatud Eesti riiklikus vooluveekogude nimestikus olevatele jõgedele või ojadele.
Jõed Võrtsjärve alamvesikonnas
Antsla jõgi
Helme jõgi
Jõku jõgi
Laatre jõgi
Pedeli jõgi
Purtsi jõgi
Rõngu jõgi
Tarvastu jõgi
Tänassilma jõgi
Visula jõgi
Väike Emajõgi
Õhne jõgi
Ärma jõgi
Ärnu jõgi
Ojad Võrtsjärve alamvesikonnas
Annioja
Arula oja
Eenuse oja
Haabsaare oja
Ikepera oja
Illise oja
Jaanuste oja
Jundi oja
Kaagjärve oja
Karuoja
Keeni oja
Keenimetsa oja
Kiivite oja
Kirikusoo oja
Kiviste oja
Koigu oja
Koke oja
Kollino oja
Kooba oja
Koriste oja
Krupi oja
Kuigatsi oja
Lambahanna oja
Leese oja
Lombioja
Lota oja
Lõhtsu oja
Lõo-Luiga oja
Marguse oja
Meleski oja
Mädajärve oja
Männiku oja
Möldreoja
Mürgi oja
Nahkle oja
Neitsijärve oja
Nigula oja
Niguri oja
Nälgu oja
Nüpli oja
Ojalepa oja
Piduli oja
Piigandi oja
Piiri oja
Pikasilla oja
Plangussaare oja
Pokardi oja
Poslovitsa oja
Pringi oja
Puka oja
Põdraoja
Pästra oja
Pühaste oja
Raagsoo oja (Raamsoo oja)
Rampe oja
Raudoja
Rautina oja
Restu oja
Riisupi oja
Rõikoja
Saksniidu oja
Sauniku oja
Siimu oja
Soe oja
Soontaga oja
Tinu oja
Tirgu oja
Tossu oja
Tusti oja
Vaardi oja
Vaheoja
Vaina oja
Valgeoja
Valguta oja
Valuoja
Varastu oja
Vareseoja
Vastse-Antsla oja
Vastsekivi oja
Verilaske oja
Viiraoja
Viljakse oja
Viru oja
Voki oja
Vooru oja
Välgita oja
Väluste oja
Õru oja
Peakraavid Võrtsjärve alamvesikonnas
Aakre peakraav
Ahtmiku peakraav
Jamsu peakraav
Jaoma peakraav
Kaanjärve peakraav
Kangru peakraav
Kiivitasoo peakraav
Kimmeli peakraav
Kingli peakraav
Kivilõppe peakraav
Kobilu peakraav
Koguli peakraav
Konguta peakraav
Koorküla peakraav
Koruste peakraav
Kuresoo peakraav
Lagesoo peakraav
Leie peakraav
Lembevere peakraav
Loime peakraav
Luuka peakraav
Lõri peakraav
Lüüsi peakraav
Mustapali peakraav
Mustla peakraav
Mähma peakraav
Oiu peakraav
Pagavere peakraav
Pistolisoo peakraav
Puidaku peakraav
Randa peakraav
Rannu peakraav
Reti peakraav
Ridaküla peakraav
Riidaja peakraav
Riuma peakraav
Ruudiküla peakraav
Savisoo peakraav
Soosaare peakraav
Tamme peakraav
Terase peakraav
Veneküla peakraav
Vennaru peakraav
Änilase peakraav
Kraavid Võrtsjärve alamvesikonnas
Andresjärve kraav
Anikatsi kraav
Ervu kraav
Holstre kraav
Jamsu kraav
Kassimõisa kraav
Kogrejärve kraav
Kõlbi kraav
Laariku kraav
Lagesoojärve kraav
Lillissaare kraav
Loime kraav
Muri kraav
Nurmepere kraav
Ohkatsi kraav
Purki kraav
Saare kraav
Soelaanõ kraav
Suurindõ kraav
Vaabinamõisa kraav (Savisoo)
Vaariku kraav
Väike-Rakke kraav
Looduslikud järved Võrtsjärve alamvesikonnas
(Kungjärve soo laugas) (Väike Kungjärv)
(Kungjärve soo laugas) (Väike Kungjärv)
(Lakesoo laugas) (Lagesoo laugas)
(Rubina soo laugas)
Ala-Puide järv
Andresjärv (Mustjärv)
Egeri järv
Ennuse järv (Eenuse järv)
Hanni järv (Annijärv, Hannijärv)
Holstre järv (Ollikoja järv)
Iheruse järv (Väike Rebasejärv)
Ikeperä järv (Ikepera järv, Tikepera järv, Metsamatsi järv)
Inni järv (Hinni järv, Kahru järv)
Jaanuse järv (Pikkjärv)
Jaska järv (Karula Jaska järv) (Jaaska järv)
Juusa järv (Kuningajärv)
Jänesse järv / Puura järv (Jänise järv)
Järve järv (Hummuli Järve järv)
Jäävä järv (Jääva järv)
Kaadsijärv (Kaatsi järv, Suur-Kaatsi järv, Karujärv)
Kadajärv (Lossijärv, Kalajärv)
Kadastiku järv (Katai järv)
Kallõtõ järv (Kallete järv)
Kangrujärv (Rebasejärv)
Kihujärv (Mäemõisa järv)
Kiisjärv (Kiiskjärv, Emajärv)
Kirgjärv
Kogrõjärv (Keema Kogrõjärv) (Väike Marujärv, Marujärv)
Kogrõjärv (Korijärve Kogrõjärv) (Kuritse Kogrejärv)
Kogrõjärv (Tohvri Kogrõjärv) (Tohvri Kogrejärv, Kogrejärv, Karula Kogrejärv)
Kol'u järv (Ilmjärv)
Koljaku järv
Kondi järv (Kondijärv)
Konnumäe järv (Põrgujärv)
Kopsu järv (Kopsujärv)
Korijärv / Koosa järv (Korvi järv)
Kosilase järv (Kangrumatsi järv)
Kukemäe järv (Kibatu järv, Saaremäe järv)
Kulli järv (Holstre Kullijärv)
Kungjärv
Kurejärv
Kuritse järv (Palsi järv, Pelsi järv)
Kurnakese järv (Kurnakse järv)
Kurvitse järv
Kutskalomp
Kuulja järv (Kograjärv, Kogrejärv, Kuuljärv, Koolja järv)
Kõlli järv (Peitlemäe järv, Põiklema järv)
Kängsepa järv (Kingsepa järv)
Kääriku järv (Käärike järv)
Küüdre järv
Laadsi järv
Laane järv (Kassiratta Laane järv)
Laane järv (Lendri järv)
Laanemõtsa järv (Laanemetsa järv, Saarjärv)
Lasa järv
Liivakse järv (Liivakese järv)
Liivaku järv (Liivakandi järv)
Linajärv (Holstre Linajärv) (Linaäärne järv)
Linajärv (Koruste Linajärv) (Salutõnni järv)
Linaleojärv (Koorküla Linaleojärv) (Koorküla Linajärv, Linaleotse järv)
Linnajärv (Karula Linnajärv)
Luhassuu järv (Luhasoo järv, Luassoo järv)
Luukasõ järv (Luukese järv, Luukse järv)
Lõõdla järv (Leedla järv)
Mikilä järv (Mähkli järv, Mikila järv, Mikile järv, Mikili järv)
Mudajärv (Koorküla Mudajärv) (Rõksi järv, Mädajärv)
Mudajärv (Nõmme Mudajärv) (Nõmmjärv)
Mustjärv (Holstre Mustjärv) (Liivausse järv)
Mustjärv (Kaadsi Mustjärv) (Kaatsi Mustjärv, Väike-Katsi järv)
Mustjärv (Valguta Mustjärv)
Mõtskonna järv (Antsla Mõtskonna järv)
Mädajärv (Rõngu Mädajärv) (Mudajärv, Koruste järv, Retsniku järv)
Mädajärv (Vana-Võidu Mädajärv)
Märdi järv (Lakesoo Märdi järv) (Lagesoo järv, Mardi järv)
Nahijärv / Juksi järv
Nakri järv (Nakrijärv)
Nauska järv
Neitsijärv
Nihujärv (Nihu järv)
nimetu
Nüpli järv
Ojajärv
Otipeipsi järv
Parika järv
Parika järv
Partsilomp (Kauru Partsilomp)
Patküla järv (Paatküla, Lõve järv)
Peräjärv (Arula Peräjärv) (Arula Perajärv, Päästjärv, Arula järv)
Petäjärv (Petajärv, Põlla järv, Pettoja järv, Pidajärv)
Piirijõe soot
Pikkjärv (Karula Pikkjärv) (Pikkeri järv)
Pikre järv (Pikri järv)
Pisike Nihujärv
Porijärv (Pörja Porijärv, Põrja järv, Kulijärv, Kullijärv)
Presnikovi järv (Tähejärv, Kuiksilla järv)
Purgi järv (Purki järv)
Põhtjärv
Põhu Mädajärv (Turbasoo järv)
Pärdu järv
Päästjärv (Perajärv)
Pühajärv
Pülme järv (Põlme järv)
Raudjärv (Korva Raudjärv)
Raudsepa järv (Tallijärv)
Rautina järv (Kaagjärv)
Riiska järv
Roksi järv (Usseaia-alune järv, Niiduotsa, Krooksu järv)
Rooni järv
Roopjärv
Ruusmäe järv (Karula Ruusmäe järv) (Ruusjärv)
Rõika järv (Rõikjärv)
Saagjärv
Sarapuu järv (Raudsepa järv)
Saudikjärv
Savijärv (Karula Savijärv)
Soolikse järv
Suukaala järv (Nihu Mädajärv)
Suur-Boose järv (Boose Suurjärv)
Tani järv (Tanijärv)
Tanijärv
Tilli järv (Pirmastu järv, Tillijärv, Subsi järv)
Tobra järv (Tobrajärv)
Toku järv (Vaabina järv)
Tollari järv (Käärikjärv)
Tolljärv (Loosu järv, Talljärv)
Tornijärv (Lükardi järv)
Tsõõrikjärv (Paluoti Tsõõrikjärv) (Kausijärv, Kansijärv)
Tuule järv (Sangaste Soojärv)
Udila järv
Udsu järv (Uutsu järv, Kokajärv, Linsi järv)
Uhtjärv (Uhtijärv)
Umbjärv (Vooru Umbjärv) (Vooru Umbjärv, Umpjärv)
Valgjärv (Koorküla Valgjärv)
Valli järv (Vallijärv, Sangaste järv)
Vanamõisa järv (Tõrva Vanamõisa järv)
Vehmerjärv
Veisjärv (Veisejärv)
Viitka järv (Veetka järv, Orejärv, Orgjärv, Viitkäjärv)
Vilgjärv (Valgjärv, Pikri järv)
Viljakse järv
Virna järv
Virtsjärv (Väike Võrtsjärv)
Võrtsjärv (Virtsjärv)
Väike Nihujärv
Väike-Virna järv (Väike Virnajärv, Virna järv)
Väikene Mustjärv (Kaatsi 2. Kogrejärv, Mudajärv)
Väiku-Boose järv (Boose Väikejärv)
Õdri järv (Õdre järv, Õdra järv, Edre järv)
Äidu järv (Eidu järv)
Äpsi järv (Japsi järv)
Paisjärved Võrtsjärve alamvesikonnas
(Kibena paistiigid)
(Kibena paistiigid)
(Kibena paistiigid) (Kibena 1. tiik)
(Kibena paistiigid) (Kibena 3. tiik)
(Kobela tiigid) (Aladi 5)
(Riissali järved)
(Riissali järved) (Priimetsa 2. Veehoidla)
Aakre Saeveski paisjärv
Aladi tiik
Annuse paisjärv
Asu järv (Taagepera Asu järv) (Asu paisjärv)
Eedi lomp
Jaagusuu lomp (Paistiik nr. 2)
Jaanimäe tiik (Aladi 6)
Jaugamõisa järv
Järvots (Korijärve Järvots)
Kalme veskijärv (Kalme paisjärv)
Kauksi järv (Antsla Kauksi järv) (Kauksi paisjärv)
Kehklase järv (Kehklase paisjärv)
Keskuse veehoidla
Kikati järv
Konksi järv (Urvaste paisjärv)
Kooli paistiik (Murikatsi tiik)
Koopsi järv (Rõikaoja paisjärv, Koopsi paisjärv, Kulli paisjärv)
Koordi veskijärv
Kuigatsi paistiik
Kõomäe järv
Kõrdsijüri lump (Viilupi paisjärv, Nässmetsa järv)
Kõrtsi veehoidla
Kõvvõrjärv (Vana-Antsla Kõvvõrjärv) (Vana-Antsla tiik)
Kärnälaane järv (Kassiratta paisjärv)
Leebiku paisjärv
Liise järv (Reidle paisjärv, Säre veehoidla)
Lossimäe veehoidla
Lutsu järv
Lõhtsuu järv
Lülle veskijärv
Marguse järv (Marguse veehoidla)
Muraka järv (Muraka paisjärv)
Mõisa tiik
Mäe-Puide järv
Märdi järv (Otepää Märdi järv) (Märdi paisjärv)
nimetu
Nässmõisa järv (Nässmetsa järv, Nässmetsa paisjärv, Toku järv)
Paavli tiik
Pedeli paisjärv (Pedeli esimene paisjärv)
Pedeli teine paisjärv
Pelgu veehoidla
Pikaantsu järv (Pika-Antsu paisjärv, Pikahansu)
Pikru paisjärv
Pringi järv (Pringi paisjärv)
Puide järv (Puide paisjärv)
Punde järv (Visula kaksikjärv, Luiga järv, Punde paisjärv)
Purde järv (Purde paisjärv, Jõku paisjärv)
Põhu järv (Rebaste järv, Põhu veskijärv)
Põrtusõ tiik (Aladi 4)
Raavitsa järv
Rahi tiik
Rannu paisjärv (Utu-Kolga paisjärv)
Raudsepa veskijärv (Raudsepa veehoidla)
Reinukese järv (Räimekese paisjärv, Kõngi järv)
Restu järv (Restu veskijärv)
Restu-Madissõ järv (Visela järv, Visula kaksikjärv, Luiga järv, Punde paisjärv, Restu paisjärv)
Ritsu järv (Linnaküla paisjärv)
Roobe järv (Roobe paisjärv)
Ruusa järv
Silgu järv (Veski paisjärv)
Soe paisjärv
Soontaga järv (Soontaga paisjärv)
Sooru järv (Piiri paisjärv, Sooru paisjärv)
Sumbaku järv (Sumbaku paisjärv)
Taagepera järv (Taagepera veskijärv)
Tambre järv
Tanni tiik (Aladi 1)
Tiidu järv (Toku paisjärv)
Tikste järv
Tirgu järv (Kuritse Veskijärv, Tirgu paisjärv)
Tohvri järv (Valtina paistiik)
Tulba-Tõnise paisjärv (Lepaveski paisjärv)
Tursti paistiik
Tusti paisjärv
Tõrva veskijärv (Matsi paisjärv)
Uue-Olde järv (Uus-Olde paisjärv)
Vahejärv (Arula Vahejärv)
Vahtsõkivi järv (Vastsekivi järv)
Vanaveski järv (Holdre Vanaveski järv) (Vanaveski paisjärv, Vastseveski paisjärv)
Vastsemõisa järv (Sangaste Vastsemõisa järv) (Sangaste veskijärv, Sangaste paisjärv)
Verevä tiik (Paistiik nr. 1)
Verilaske järv (Verilaske paisjärv)
Veskejärv (Koorküla Veskejärv) (Koorküla veskijärv)
Veskijärv (Arula Veskijärv)
Veskijärv (Laatre Veskijärv)
Viinakuajärv (Karula Viinakuajärv) (Karula paisjärv)
Viiruki järv (Möldri paisjärv, Viiruki paisjärv)
Viiruki tiik (Aladi 3)
Villa lump (Nässmetsa II)
Viru järv (Viru paisjärv)
Voki veskijärv (Kasemetsa paisjärv, Kassiratta paisjärv, Kasemetsa järv)
Väike-Koopsi järv (Rõikaoja paisjärv)
Äniniidü lump (Piiroja paisjärv)
Ülemine järv (Vana-Antsla Ülemine järv) (Vana-Antsla tiik)
Tehisjärved Võrtsjärve alamvesikonnas
(Hansi lombid)
(Hansi lombid)
(Isinovski tiigid)
(Isinovski tiigid)
(Kobela tiigid)
(Kobela tiigid)
(Kobela tiigid) (Kalatiik nr. 13)
(Koska tiigid)
(Koska tiigid) (Kalatiik nr. 10)
(Koska tiigid) (Kalatiik nr. 11)
(Koska tiigid) (Kalatiik nr. 12)
(Koska tiigid) (Kalatiik nr. 9)
(Koskla tiigid)
(Madissoo tiigid)
(Madissoo tiigid)
(Madissoo tiigid)
(Piiriotsa lombid) (Tsirguliina veehoidla)
(Piiriotsa lombid) (Tsirguliina veehoidla)
(Piiriotsa lombid) (Tsirguliina veehoidla)
(Sangaste lossi tiigid)
(Sangaste lossi tiigid) (Sangaste pargi tiigid)
Alatiik (Lakõssuu Alatiik)
Ermeli lump
Hummuli keskuse veehoidla
Jõgari järv (Kalatiik nr. 4)
Kallastõ järv (Lümatu Kallastõ järv) (Kuusiku tiik)
Kanarikumäe järv (Kalatiik nr. 8)
Kitse-Aadu tiik
Kuuste lomp
Lakõssuu järv (Antsu kalatiik, Linda kolhoosi kalatiigid)
Laose-Andrese lomp (Korva karjäär)
11 nimetut järve
Obõstõtsukõlus (Kaagjärve tiik, Rautina)
Paiujärv (Kalatiik nr. 7)
Pilliliina lomp (Tsirguliina bassein)
Robitiik (Antsu kalatiik, Linda kolhoosi kalatiigid)
Saarepeedi karjäär
Sitisuu tiik (Kalatiik nr. 5)
Sulaoja lump (Oe tiigid)
Supeljärv (Sangaste Supeljärv)
Suurtiik (Uue-Antsla Suurtiik)
Sõjatamme tiik
Tapusuu lump
Telli tiik (Kalatiik nr. 6)
Tõukvere tiigid
Verevä lomp
Viinuti järv
Väike-Pilliliina lomp (Tsirguliina bassein)
Õru järv