Emajõgi (Suur-Emajõgi), Eesti suurimaid jõgesid; pikkus 101 km, jõgikond koos Võrtsjärve vesikonnaga 9960 km2 (sellest 98 km2 Lätis), vooluhulk keskmiselt 71,8 m3/s. Jõe laius on 20–145 m, suurim sügavus 11 m (suudmes kuni 18 m), kogulang 3,5 m, voolukiirus keskmiselt 3,7 km/h. Algab Võrtsjärve kirdenurgast Rannu-Jõesuust, suubub Praagal Peipsisse.
Võrtsjärvest Kärevere sillani (40 km) on jõgi looklev ja soodirikas (vanajõed). Ülem- ja alamjooksul voolab jõgi soistel madalikel, keskjooksul lookleb ürgorus (oru laius Tartu kohal 1 km, mujal enamgi, sügavus kuni 20 m). Ülem- ja alamjooksul laiub soid ja heinamaid (luhti), mis suurvee ajal on vee all. Suurvee ajal esineb üleujutusi ka Tartu linnas. Veetase Emajões võib aastas kõikuda 1,2–2,6 m.
Võrtsjärvest Tartuni jääb 57 km ja Tartust Peipsini 43 km. Veel 1927. aastal oli Emajõe pikkus 117 km, kuid hiljem on jõge süvendatud ja kanaliseeritud. Emajõe eripäraks on rohked luhaveekogud, kokku 102. Jõesilmustest on voolutee loodusliku või kunstliku õgvenduse teel tekkinud arvukalt vanajõgesid üldpindalaga umbes 140 ha, neist 72 sisaldavad vett igal aastaajal. Enamik vanajõgedest jääb 35 km pikkusse lõiku Pedja (Pede) jõe suudmest Kärevere külani.
Suurvee ajal (tavaliselt maikuus, kuid vahel ka talvel), kui Pede (Pedja) jõe vooluhulk on nii suur, et see ei voola Peipsi suunas ära, muudab Emajõgi kuuekilomeetrises lõigus Pede suudme ja Võrtsjärve vahel suunda ning voolab Võrtsjärve. Emajõe tagurpidi voolav osa on sellel ajal tavalisest mitu korda laiem ning seda kutsutakse ka Järvejõeks. Äraspidine vool on aeglane, 7 cm/s.
Emajõgi Tartus suurvee ajal
Emajõgi on Eesti ainus kogu ulatuses laevatatav jõgi. Keskajal oli see tähtis kaubatee, mida mööda kulges kaubandus läänepoolsete hansalinnade ning idas asuvate Pihkva ja Novgorodi vahel. Emajõel olid levinud kohalikud madalapõhjalised, Emajõe-Peipsi tüüpi lodjad. Kauba- ja reisilaevade liiklus Venemaa vahet käis Emajõel vähemal määral kuni Nõukogude aja lõpuni.
Emajõe ülemjooks jääb Alam-Pedja looduskaitsealale. Selle piires on keelatud sõita jettide, skuutrite, veerollerite ja hõljukitega, muude veesõidukite maksimaalne kiirus on 30 km/h. Sama piirkiirus kehtib ka Emajõe alamjooksul paikneval Peipsiveere looduskaitsealal Emajõe-Suursoos.
Esmakordselt on Emajõge (ladinakeelselt Mater Aquarum) nimetatud Henriku Liivimaa kroonikas. Sama nime kasutatakse kroonikas ka Väike-Emajõe ja Pärnu jõe kohta. Vene leetopissides on Suur-Emajõgi Омовжаvõi Омовыжь. Ladina- ja venekeelseid nimekujusid on peetud kaudseks kinnituseks, et Emajõe nimi vanemas eesti keeles oli "Emavesi".
Vasakpoolsed lisajõed: Põltsamaa ja Pedja jõe ühinemisel tekkiv Pede jõgi, Laeva, Amme ja Lagina jõgi,
Parempoolsed lisajõed: Kavilda, Elva, Ilmatsalu, Porijõgi, Mõra, Luutsna, Ahja ja Kalli jõgi.
Emajõest on tabatud 36 kalaliiki, kellest 10 on eksikülalised. Püütumad kalad on haug, latikas, ahven, särg ja säinas. Püütakse ka angerjat, karpkala, kokre, koha, linaskit, lutsu ja turba. Üsna sageli tabatakse ka tõugjat, kelle püüdmine on praegu kalapüügieeskirjadega keelatud.
Huvi eri kalaliikide vastu on ajaloo kestel muutunud: sõjaeelses Eestis püüti Emajõel peamiselt haugi, Saksa okupatsiooni ajal viidikat, Nõukogude ajal ka särge (kuna seda hakati kuivatama) ja ahvenat, viimasel ajal on üks põhilisi püügikalu latikas. Teise maailmasõjani püüti Emajõel kalu peamiselt noodaga, pärast sõda hakati kasutama ka mõrra- ja võrgupüüki. 1958–1976 tegutses Emajõel Lenini-nimeline kalurikolhoos, 1976. aastal loodi kalurikolhoos Peipsi Kalur. Tänapäeval on tegevad mõned eraettevõtjatena tegutsevad kalurid, kes kasutavad kalapüügiks Emajõele omaseid ääremõrdasid.
Väga populaarne huvikalastuspaik. 2009–2010 hindas Lõuna-Eesti Kalastajate Klubi kalastajate arvu Emajõel märtsist oktoobrini: kalastuskoormus on selle hinnangu põhjal ligikaudu 100 000 püügipäeva aastas.
Jaanuar 2018